ActiveSNESを起動しておくと、Snes9xに常にフォーカスが当たるようになり バックグラウンドで動作させても処理が止まってしまうことがなくなります。
その為、同期ズレの発生を抑えてくれます。
http://hp.vector.co.jp/authors/VA013673/ (公式)